Đây là giai đọan tính từ mốc Nguyễn Ánh lên ngôi, lấy niên hiệu là Gia Long đến năm mà vua Minh Mạng thành lập tỉnh Biên Hòa. Đất Biên Hòa xưa có phạm vi rộng lớn với nhiều địa phận thuộc tỉnh Đồng Nai hiện nay và các tỉnh phụ cận.

Năm 1808, phủ Gia Định được gọi là thành Gia Định. Các dinh trước đây đổi thành trấn trực thuộc thành Gia Định. Cụ thể ở vùng đất Biên Hoà: dinh Trấn Biên đổi thành trấn Biên Hòa, huyện Phước Long nâng lên thành phủ.

Bốn tổng của huyện Phước Long là Phước Chánh, Bình An, Long Thành, Phước An được nâng thành bốn huyện. Cụ thể là:

- Huyện Phước Chánh gồm 2 tổng là Phước Vinh, Chánh My, có 85 thôn.

- Huyện Bình An gồm 2 tổng Bình Chánh, An Thuỷ, có 119 thôn, xã, phường).

- Huyện Long Thành gồm 2 tổng Long Vĩnh, Thành Tuy, có 63 thôn, phường.

- Huyện Phước An gồm 2 tổng An Phú, Phước Hưng, có 43 thôn, phường.

Năm 1820, hoàng tử Đảm lên ngôi vua, lấy niên hiệu Minh Mạng. Năm 1821, vua Minh Mạng thực hiện xếp đặt một số đơn vị hành chánh. Tuỳ theo diện tích và dân số của mỗi huyện mà tăng số tổng lên khác nhau.

Hai tổng của huyện Phước Chánh là Phước Vinh, Chánh Mỹ được chia thành 6 tổng là: Phước Vinh Thượng, Phước Vinh Trung, Phước Vinh Hạ, Chánh Mỹ Thượng, Chánh Mỹ Trung, Chánh Mỹ  Hạ, có 101 thôn, xã. 

Hai tổng Bình Chánh, An Thuỷ của huyện Bình An chia làm 8 tổng là: Bình Chánh Thượng, Bình Chánh Hạ, Bình Chánh Trung, Bình Chánh Tây, An Thuỷ Thượng, An Thuỷ Trung, An Thuỷ Hạ, An Thuỷ Đông, có 89 xã, thôn ấp.

Hai tổng Long Vĩnh, Thành Tuy của huyện Long Thành được chia làm 4 tổng là: Long Vĩnh Thượng, Long Vĩnh Hạ, Thành Tuy Thượng, Thành Tuy, có 53 ấp, thôn, xã.

Hai tổng An Phú, Phước Hưng của huyện Phước An được chia thành 4 tổng là: An Phú Thượng, An Phú Hạ, Phước Hưng Thượng, Phước Hưng Hạ, có 42 xã, thôn, phường.

Năm 1832, đánh dấu mốc với việc Biên Hòa được nâng cấp từ trấn thành tỉnh: tỉnh Biên Hòa có phủ Phước Long và 4 huyện Phước Chánh, Bình An, Long Thành, Phước An.