Hệ sinh thái ngập mặn Long Thành- Nhơn Trạch nằm trên địa bàn 4 xã: Long Phước, Phước Thái (huyện Long Thành) và Phước An, Long Thọ (huyện Nhơn Trạch) với tổng diện tích tự nhiên gần 18.000ha. Khu vực này thuộc hạ nguồn sông Đồng Nai có địa hình trũng trên trầm tích đầm lầy, thấp hơn từ 1 đến 2m so với mực nước biển nên thường xuyên bị ngập. Khu vực này còn chịu ảnh hưởng trực tiếp bởi hai con sông khác là Thị Vải và Đồng Tranh. Hệ sinh thái chịu ảnh hưởng xâm mặn của biển đã tạo thành một vùng động thực vật khá phong phú.

Theo giới chuyên môn, rừng ngập mặn Long Thành- Nhơn Trạch có hơn 20 loài thú, hơn 100 loài chim, khoảng 30 loài bò sát và 9 loài lưỡng cư. Ba nhóm thuỷ sản chủ yếu của vùng là nhuyễn thể (36 loài), giáp xác (18 loài) và nhóm động vật phong phú nhất là cá (137 loài). Một số loài cá có giá trị kinh tế cao, cho thịt có chất lượng như: cá dứa, cá đối, cá ngát, cá mú đen...

Vùng ngập mặn có các loại cây điển hình như: nấm, đước, dà, vẹt. Vào sâu hơn là nước lợ, nước ngọt có quần thể dừa nước, năng, mua, chà là, ô rô, ráng… Theo thống kê sơ bộ, rừng ngập mặn Long Thành - Nhơn Trạch có 84 loài thực vật bậc cao với 72 chi, 38 họ và là nơi trú ngụ của nhiều loài chim, thú, thuỷ sản.

Ngoài lợi ích kinh tế, khu vực hạ nguồn sông Đồng Nai còn chức năng chống xói mòn đất, ngăn chặn việc đất đai bị rửa trôi ra biển và có khả năng tự làm sạch môi trường. Trong thời gian gần đây, vùng rừng ngập mặn Long Thành – Nhơn Trạch bị ảnh hưởng rất lớn, nhất là từ nước thải công nghiệp của các khu công nghiệp ở Đồng Nai, Bà Rịa - Vũng Tàu. Đây là nguyên nhân dẫn đến lượng tôm cá suy giảm nhanh chóng, các loài bò sát, động vật sống trên cạn cũng bị đe doạ nghiêm trọng. Người dân đưa cơ giới vào rừng ngập mặn và bán ngập mặn tàn phá cây cối, thay đổi dòng chảy của các kênh, lạch trong khu vực như các xã Phước An, Long Thọ (Nhơn Trạch) để đào ao nuôi tôm theo phương pháp công nghiệp cũng là những tác nhân ảnh hưởng xấu đến sinh cảnh vùng ngập mặn.