Tên gọi Biên Hoà có từ năm 1808. Khi vua Gia Long đổi tên dinh Trấn Biên thành Biên Hoà. Trấn được hiểu theo nghĩa là gìn giữ, cũng là đơn vị hành chánh có tính quân quản cấp tỉnh. Biên: được hiểu theo nghĩa là chỗ giáp giới bờ cõi. Hoà được hiểu theo nghĩa hiệp làm một, thuận một bề. Biên Hoà được đặt tên gọi với mong muốn, hy vọng vùng đất nơi biên cương này được trấn giữ chắc chắn, bình yên, thuận hoà.

Biên Hùng là tên gọi của Biên Hoà trong thời kỳ nửa cuối thế kỷ XVIII. Bắt nguồn từ sự kiện thương nhân người Hoa là Lý Tài đem quân chiếm vùng Chiêu Thái (núi Châu Thới – trước thuộc tỉnh Biên Hoà, nay thuộc tỉnh Bình Dương). Năm 1773, Lý Tài cùng Tập Đình đem quân tham gia vào hàng ngũ Tây Sơn và được tin dùng. Sau một thời gian, Tập Đình bỏ trốn, Lý Tài thua trận nhiều nên ra hàng với Tống Phước Hiệp - tướng của nhà Nguyễn đóng tại Bình Khang (nay thuộc địa phận tỉnh Khánh Hoà). Năm 1776, Tống Phước Hiệp kéo quân vào Nam, Đỗ Thành Nhân (gốc người Minh Hương, trước ở Hương Trà thuộc Thừa Thiên – Huế). Năm 1775, theo chúa Nguyễn Phước Thuần vào Gia Định. Đỗ Thành Nhân đến đất Ba Giồng (phía nam Đồng Tháp Mười) chiêu mộ binh sĩ, lấy tên là quân Đông Sơn, xưng là Đông Sơn Thượng tướng quân. Khi thấy quân của Tống Phước Hiệp vào Nam, có Lý Tài, Đỗ Thành Nhân xem thường và hiềm khích. Sau khi Tống Phước Hiệp qua đời, Lý Tài kéo quân về vùng Chiêu Thái trú đóng, không theo nhà Nguyễn. Tại đây, Lý Tài xưng hùng và truyền sửa tên gọi Trấn Biên thành Biên Hùng trấn. Biên Hùng trấn chỉ tồn tại trong một thời gian ngắn khi Đông Định Vương Nguyễn Lữ (một trong ba anh em nhà Tây Sơn) đánh thắng quân chúa Nguyễn, đổi dinh Trấn Biên thành Biên Trấn.

Trước năm 1975, có nhà hát Biên Hùng do nhà kinh doanh Lê Văn Lộ đặt tên tồn tại ở khu vực đường Hưng Đạo vương, Trịnh Hoài Đức và Quốc lộ I (nay là rạp Nam Hà). Hiện nay, trong nội ô Biên Hoà có ngã năm Biên Hùng. Đây là giao lộ mà phía giữa có tháp đồng hồ bốn mặt (xây dựng năm 2010), có 5 hướng đi bởi các con đường: Hà Huy Tập, Hưng Đạo Vương, 30 tháng Tư. Công viên Biên Hùng được bao bọc bởi các con đường Hưng Đạo Vương, Trịnh Hoài Đức và một phần đường 30 tháng Tư. Trong công viên Biên Hùng có hồ nước khá đẹp người dân địa phương quen gọi là Hồ Biên Hùng. Trên đường Trịnh Hoài Đức có chợ đêm Biên Hùng  được hình thành tháng 12 năm 2005.