Từ năm 1792, Nguyễn Ánh hoàn toàn làm chủ đất Trấn Biên, Gia Định. Năm 1802, Nguyễn Ánh lên ngôi vua, đổi phủ Gia Định thành trấn Gia Định, Trấn Biên dinh thành Biên Hòa trấn. Đến năm 1808, lại đổi trấn Gia Định ra Gia Định Thành thống quản trấn Phiên An, Biên Hòa, Định Tường, Vĩnh Thanh, Hà Tiên; Nguyễn Văn Nhơn làm tổng trấn, Trịnh Hoài Đức làm hiệp tổng trấn. Đến năm 1812, Lê Văn Duyệt làm tổng trấn.

Năm 1832, Lê Văn Duyệt mất. Nguyễn Văn Quế và bố chánh Bạch Xuân Nguyên vốn có hiềm khích, dựng vụ án Lê Văn Duyệt. Vua Minh Mạng cho xiềng mộ Lê Văn Duyệt, bãi bỏ chức tổng trấn, chia các trấn thành lục tỉnh. Tỉnh Biên Hòa có từ đây.

Giận vì Lê Văn Duyệt bị ngược đãi, năm 1833 con nuôi Lê Văn Duyệt là Lê Văn Khôi tạo phản, chiếm thành Phiên An; mãi đến năm 1835, Lê Văn Khôi bệnh mất, nhà Nguyễn mới dập tắt được cuộc binh biến, bắt giết cả thảy 1.831 người đem chôn chung gọi là mả Ngụy. Hai lần Lê Văn Khôi đánh chiếm Biên Hòa. Người Biên Hòa theo Lê Văn Khôi bị trừng trị khá đông liên lụy đến cả họ hàng. Bảy tướng lĩnh triều đình chết trận tại Biên Hòa: Lê Văn Nghĩa, Phan Văn Song, Trần Văn Du, Đặng Văn Quyến, Trần Văn Thiều, Nguyễn Văn Lý, Ngô Văn Hóa; vua Minh Mạng cho lập thờ ở thôn Bình Hòa, xã Bình Thành, ban sắc phong năm 1838, di tích còn lại có thể là miếu Bình Hòa (nay thuộc phường Quang Vinh, thành phố Biên Hòa). Tương truyền, con cháu của Lên Văn Khôi trốn được, có 2 người ẩn danh trong dân ở Hang Nai (Nhơn Trạch) và Long Thành.