Trên địa bàn huyện Nhơn Trạch có nhiều địa điểm phát hiện có dấu tích của cư dân thời tiền sử sinh sống. Trong đó, có một số di chỉ tiêu biểu đã được khai quật sau:

          Di chỉ Cái Vạn (thuộc xã Long Thọ): được phát hiện sớm với những phát hiện lẻ tẻ. Di chỉ được khai quật vào năm 1978 và năm 1996. Các hiện vật được phát hiện gồm nhiều công cụ lao động bằng đá (rìu, dao, bàn mài, đục, khuôn đúc, chày nghiền, hòn kê); đồ đồng (rìu, giáo, đồ đựng), vật dụng của người xưa mà chủ yếu là đồ gốm trên hàng chục ngàn tiêu bản (dọi xe chỉ, chì lưới, bi gốm, bàn xoa, cà ràng, mảnh chén, bát, chân đế, bình, hủ…), trên các mảnh gốm có nhiều loại hoa văn. Đồ gỗ (ván, cọc, lưỡi kiếm, suốt đan lưới, mũi nhọn, cán dao, lao ngạnh, bàn dập, nêm chốt, thuổng tay…). Bên cạnh đó còn có một số di cốt động vật hươu, răng voi…Di chỉ Cái Vạn được xem là địa bàn cư trú của người tiền sử, cũng là một di chỉ xưởng chế tác công cụ lao động. Các cư dân cổ làm nhà trên vùng ngập mặn với các hoạt động kinh tế làm ruộng, đánh bắt thủy hải sản…. và  nghề thủ công. Niên đại của di chỉ được xác định là 3.360 + 80 năm cách ngày nay.

          Di chỉ Cái Lăng (ấp 4 xã Long Thọ): được phát hiện từ thập niên 70 thế kỷ XX. Di chỉ được khai quật vào năm 2000 và 2003. Tại đây phát hiện nhiều hiện vật bằng đá, gốm, đồ gỗ tương tự với các loại hình công cụ, vật dụng với hiện vật phát hiện tại di chỉ Cái Vạn. Đ8ây cũng là địa àn cư trú của người tiền sử. Niên đại xác định cách ngày nay từ 2.700 – 2000 năm cách ngày nay.

          Di chỉ Rạch Lá (ấp Quới Thạnh, xã Phước An): Khai quật năm 2002 và thu được một số hiện vật bằng đá (đặc biệt có một thanh đá kêu – đàn đá), gỗ, gốm; trong đó, đồ gốm chiếm số lượng nhiều. Di vật gốm gồm: 8 bi gốm, trong đó có 135 tiêu bản gốm miệng loe, 51 mảnh chân đế, 322 mảnh thân…của các đồ vật đựng. Trên các tiêu bản gốm có nhiều dạng hoa văn như: văn thừng, khắc vạch, chấm dải, các đường song song, gấp khúc, chữ chi, lượn sóng, hình tam giác. Di chỉ Rạch Lá là địa bàn cưu trú với hình nthức nhà sàn của cư dân cổ trên vùng đất ngập mặn ven biển. Niên đại dược xác định 3.200 cách ngày nay.

          Di chỉ Gò Me (ấp Chính Nghĩa, xã Vĩnh Thanh): Di chỉ được khai quật năm 2004, thu được những hiện vật bằng đá ( rìu bôn, đục, bàn mài, chày nghiền, vòng tay, lõi vòng, khuôn đúc, hạt chuỗi, mũi giáo, dao hái, mảnh vỡ…), đồ đồng (rìu lưỡi xòe), đồ gốm (chủ yếu là các mảnh vở của bình, hủ gốm, đất nung). Đặc biệt, trong tích có vết tích 4 ngôi mộ; trong đó có hai mộ còn di cốt người. Di chỉ Gò Me là địa bàn cư trú và mộ táng của người cổ trên vùng giồng cát khu vực ngập mặn. Niên đại 3.000 năm cách ngày nay.

          Cùng với một số địa điểm khác trên địa bàn có phát hiện nhiều hiện vật cho thấy Nhơn Trạch – vùng đất ngập mặn cách đây 3.500 – 3.000 đã có những lớp cư dân đến sinh sống. Họ từng bước thích ứng với môi trường (làm nhà sàn trên vùng ngập nước), ngoài phươgn thức kinh tế săn bắn, hái lượm, cư dân cổ biết đến nghề nông (làm ruộng), nghề đánh bắt thủy, hải sản, biết đến các nghề thủ công làm đồ đá, làm gốm, dệt vải, đúc đồng, nghề mộc.